
Oyundan son teknoloji biyolojiye: Yapay zeka ve protein katlanma sorunu
Oyunlarda insanları yenmek için geliştirilen yapay zeka sistemleri gibi, yapay zeka protein işlevinin sırlarını çözmeye nasıl yardımcı olabilir?
Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'nın ilgi çekici bir sanat yarışmasıyla “doğanın minik heykellerinin” (yani proteinlerin) biçimini ve işlevini keşfedin.
The moody messenger
©Artwork by Amina Myrzagalym of the NIS School of Physics and Mathematics/Taraz/Kazakhstan
Biyologlar yaşamın hikayesini anlatmak için yola çıktıklarında, bunu kelimelerle olduğu kadar görüntülerle de yaparlar. Fen bilimleri öğretmenleri, bilimsel süreçleri tanımlamak ve keşfetmek ve mesajları güçlü ve etkili bir şekilde iletmek için sanatı kullanabilir. Galileo’nun görüntü oluşturmasından, yakın zamanda Odyssey uzay aracıyla Ay’a taşınan Jeff Koons’un Ayın Evreleri heykeline kadar, sanat ve bilim tarih boyunca iç içe olmuştur. Şimdi, Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’nın (EMBL) yeni bir girişiminin bir parçası olarak, bu iki alan gençlerin öğrenme deneyimlerini zenginleştirmek için Unfold Your World (Dünyanı Aç) adlı bir projeyle yeniden bir araya geliyor. Unfold Your World, 2017 yılında başlatılan ve Avrupa’daki EMBL-EBI Protein Veri Bankası’ndaki (PDBe) bir ekip tarafından yönetilen PDB Sanat projesinin başarısı üzerine inşa edilmiştir. Uzun süredir devam eden PDB Art projesi bireysel okullarla yakın bir şekilde çalışırken, Unfold Your World tüm gençlere açık sınırlı sayıda bir tekliftir ve katılmak için belli bir öğrenim süresi gerektirmez.
Tehlikeye gizlice yaklaşmak
©Artwork by Katie Wong of The Stephen Perse Foundation/Cambridge/UK
EMBL’nin bu yılki 50. doğum günü kutlamalarının bir parçası olarak geliştirilen Unfold Your World, Avrupa’nın dört bir yanından 14-18 yaş arası gençleri şu adrese davet ediyor:
EMBL’nin amiral gemisi olan bu sergide çalışmanın sergilenmesinin yanı sıra, katılımcılar kendileri veya okulları için sanat malzemeleri kazanabilirler.
Proteinleri doğanın minik heykelleri olarak tasavvur eden Unfold Your World, bu moleküler mucizelerin yapısal güzelliğini taktir ediyor. Proteinlerin amino asit zincirleri benzersiz 3 boyutlu yapılar halinde katlanır. Protein hücredeki diğer moleküllerle etkileşime girdiğinde, bu durum proteinin işlevini etkileyen yapısal değişikliklere (açılma ve yeniden katlanma) yol açabilir. Sanat yaratımı için bu kadar zengin bir ilham kaynağı sunan, biçim ve işlev (form ve fonksiyon) arasındaki bu inanılmaz ilişkidir.
Protein kriptokrom 4’ün katlanmış yapısı[1] PDBe’den yapı:6pu0, Mol*görüntüleme kullanılarak oluşturulmuştur
Şimdiye kadar 1000’den fazla genç öğrenci, PDB Art projesinin bir parçası olarak sanat eserleri yaratmak için bu süreçten ilham aldı. Unfold Your World, bu fırsatı okulların ötesine taşıyarak ve bunun için harcanan zamanı azaltarak daha da geniş bir kitleyi protein katlanmasının güzelliğini keşfetmeye teşvik ediyor.
Myoglobin: The mighty oxygen carrier
©Artwork by Sabina Seisenbay of the NIS School of Physics and Mathematics/Taraz/Kazakhstan
Proje, katılım için ders süresi veya hazırlık gerektirmeyecek şekilde tasarlanmıştır. Gençler, gönderimlerini desteklemek için bir öğretmene veya başka bir güvenilir yetişkine ihtiyaç duyarlar, ancak bunun dışında temaları kendileri keşfedebilir ve sanat eserlerini bağımsız olarak yaratabilirler. Bununla birlikte, proje materyalleri, bunu yapmak isteyen sanat veya fen bilimleri öğretmenlerinin de etkinlikleri ders saatine dahil edebilecekleri şekilde tasarlanmıştır.
Bu şekilde kullanıldığında, materyaller aşağıdaki müfredat konularını destekler: doku ve organların organizasyonu, protein katlanması, proteinlerin özellikleri, enzim fonksiyonu, biyomoleküllerin yapısı ve yapı-fonksiyon ilişkileri.
Projenin aşamalarını gösteren diyagram
Unfold Your World, aşağıdaki temaların her birinde yer alan seçilmiş bir dizi protein için bir özet sayfası ile başlar:
Özet sayfası önemli gerçekleri sunar: örneğin, kriptokromlar Dünya’nın manyetik alanının ışıkla çalışan sensörleri olarak gösterilir[1] ve kuş göçünde önemli bir rol oynar ve ağrının etkisini engellemek için beyinde beta-endorfinler üretilir. Kristalograf Dorothy Crowfoot Hodgkin’in diyabet için insülin tedavilerinin geliştirilmesinin temelini atan insülinin üç boyutlu yapısını belirleme çalışması gibi bilimsel süreçle ilgili gerçekler de yer alıyor.
Katılımcılar, seçtikleri protein hakkındaki düşüncelerini ve duygularını yansıtmak için ruh hali panolarını kullanırlar; yaratıcı düşünceyi teşvik etmek için bir egzersiz. Bilgiyi genişletmek ve derinleştirmek için bir dizi video eğitimi de üretilmiştir. Bu kaynaklar, daha sonra bir web portalı aracılığıyla gönderilebilecek yaratıcı bir çalışma için fikirler ortaya çıkarmak için birlikte kullanılabilir.
Tüm bu öğrenme materyalleri, PDBe ekibi ile işbirliği içinde EMBL’nin Bilim Eğitimi ve Kamu Katılımı (SEPE) ofisi tarafından bu proje için özel olarak yeni geliştirilmiştir.
14-18 yaş arası gençler bağımsız olarak, bir bilim kulübü veya gençlik grubunun parçası olarak ya da ders saatleri içinde katılabilirler. Her durumda, başvurular okul veya toplum merkezi gibi bir kurum aracılığıyla yapılmalıdır.
Kaynakların tümüne Unfold Your World web sayfasından erişilebilir ve katılımcılar burada kayıt yaptırarak sanat eserlerinin bir fotoğrafını çevrimiçi olarak gönderebilirler.
Sanat eserleri heykel, dijital görüntüler, resim, tekstil, çizim veya baskı dahil olmak üzere çeşitli şekillerde olabilir. Tüm başvurulara, katılımcının ilham kaynağı, öğrenme süreci ve metodolojisini özetleyen kısa bir yazılı açıklama eşlik etmelidir.
Sanat eserlerinin Temmuz 2024’ün sonuna kadar teslim edilmesi gerekiyor, bu nedenle bu projeyi desteklemek isteyen okulların hızlı hareket etmesi gerekecek. Seçim sürecinin Eylül ayına kadar gerçekleşmesi planlanıyor. Seçilen sanat eserlerinin görüntüleri, EMBL’nin 1974’te kurulmasından bu yana geçen 50. yıldönümü olan 2024 sonbahar/kış aylarında The World of Molecular Biology’de sergilenecek. Mansiyonlar için çevrimiçi bir ekran planlanmaktadır. Ek bir ödül olarak, sanat eserleri Avrupa çapında bir dizi ödül sahibine teslim edilecektir.
Sanat eserlerinin sergileneceği
Heidelberg’deki Moleküler Biyoloji Dünyası
©Kinga Lubowiecka/EMBL
Proje sınırlı bir süre için devam ediyor, bu nedenle biyolojinin mucizelerini moleküler düzeyde keşfetme şansını yakalayın ve dünyanızı açarak her şeyi yeni bir şekilde görme deneyiminin tadını çıkarın.
Daha fazla bilgi edinmek, kaynakları keşfetmek ve başvuruda bulunmak için Unfold your World web sayfasına gidin.
[1] Zoltowski BD (2019) Chemical and structural analysis of a photoactive vertebrate cryptochrome from pigeon. PNAS 116: 19449–19457. doi: 10.1073/pnas.1907875116
Oyunlarda insanları yenmek için geliştirilen yapay zeka sistemleri gibi, yapay zeka protein işlevinin sırlarını çözmeye nasıl yardımcı olabilir?